目前應用于人體的益生菌有雙歧桿菌、乳桿菌、腸球菌、大腸桿菌、枯草桿菌、蠟樣芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、丁酸梭菌和酵母菌等。常見益生菌主要指兩大類乳酸菌群：一類為雙歧桿菌，常見的有嬰兒雙歧桿菌，長雙歧桿菌，短雙歧桿菌，青春雙歧桿菌等；另一類為乳桿菌，如嗜酸乳桿菌，干酪乳桿菌，鼠李糖乳桿菌，植物乳桿菌和羅伊氏乳桿菌等。從安全性角度考慮，目前工業(yè)用益生菌主要來源于健康人體，動物和傳統(tǒng)食物（發(fā)酵乳制品，泡菜等發(fā)酵食品）。
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