中國(guó)科學(xué)院海洋研究所研究員相建海和李富花課題研究組主導(dǎo)，與國(guó)內(nèi)外多家單位共同合作，歷時(shí)十年成功破譯了凡納濱對(duì)蝦基因組，獲得了世界上高質(zhì)量的對(duì)蝦基因組參考圖譜，研究成果1月21日在《自然·通訊》在線發(fā)表，為甲殼動(dòng)物研究及對(duì)蝦基因組育種和分子改良提供了重要理論支撐。

       甲殼動(dòng)物和昆蟲是節(jié)肢動(dòng)物門中的兩大門類，已有超過(guò)6萬(wàn)種甲殼動(dòng)物被報(bào)道。十足目甲殼動(dòng)物囊括了大量重要的水產(chǎn)經(jīng)濟(jì)物種，如蝦、蟹、龍蝦等，而凡納濱對(duì)蝦作為四大養(yǎng)殖蝦類之首，其年產(chǎn)量達(dá)416萬(wàn)噸，具有非常重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。然而，由于種質(zhì)資源匱乏，我國(guó)對(duì)蝦養(yǎng)殖單位每年需從國(guó)外引進(jìn)大量親蝦。我國(guó)自主的對(duì)蝦分子遺傳育種工作迫在眉睫，但是受限于沒(méi)有良好的參考基因組，其進(jìn)展一直相對(duì)緩慢。

       對(duì)蝦基因組是世界上公認(rèn)的高復(fù)雜基因組，阻礙了多個(gè)國(guó)際科研機(jī)構(gòu)的研究步伐。在該研究中，科研人員嘗試了從一代到三代的各種測(cè)序平臺(tái)以及各種組裝軟件，最終完成了凡納濱對(duì)蝦的全基因組de novo測(cè)序和組裝，獲得的參考圖譜Scaffold N50達(dá)到606Kb。通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)，以1-6堿基為單位多次重復(fù)的簡(jiǎn)單串聯(lián)序列（SSR）占對(duì)蝦基因組的23.93%以上，是目前已測(cè)基因組物種中含量的，這也是對(duì)蝦基因組高復(fù)雜性的根本原因，并推測(cè)SSR的爆發(fā)與對(duì)蝦祖先適應(yīng)性進(jìn)化過(guò)程有關(guān)。在對(duì)蝦基因組上還發(fā)現(xiàn)了兩大結(jié)構(gòu)特征：大量的物種特異性基因和大量的串聯(lián)重復(fù)基因，可能與對(duì)蝦科的特異性進(jìn)化有密切聯(lián)系。

       據(jù)介紹，本研究還對(duì)22個(gè)野生和養(yǎng)殖的凡納濱對(duì)蝦個(gè)體進(jìn)行了重測(cè)序，獲得了大量的SNP分子標(biāo)記，為對(duì)蝦的遺傳育種工作提供了寶貴的資源。